近20年来，紧跟国际耳鼻咽喉—头颈外科学发展步伐，相继开展了听神经肿瘤早期诊断与功能性摘除术，鼻咽肿瘤内窥镜与显微切除术，喉癌功能保全性手术等一批学科发展前沿的标志性手术，在内耳疾病及耳神经外科，鼻窦解剖与内镜外科，喉与头颈肿瘤外科等临床治疗上形成了明显的专业特色。首创新喉再造术，在重建喉功能的同时，显著提高了中晚期喉癌患者术后生存率，此项成果在2001年获上海市科技进步一等奖。

       医院为发展医疗特色，拓宽医疗市场，充分调动和鼓励医务人员开展新技术、新疗法的积极性，2003年2月24日，出台了《新技术、新疗法奖评审规定》，促进了各临床科室新技术和新疗法的开展和创新。在当年的重大手术中，新技术、新疗法60项，较前一年增加了12.4%。如血液科的PS-341及三氧化二砷治疗多发性骨髓瘤的研究；消化科的超声胃镜技术的成熟与广泛应用；肾内科的尿毒症甲状旁腺内药物注射治疗继发性甲旁亢；骨科的颈前路手术显微化治疗；普外科的乳腺肿块微创旋切手术；普外科与泌尿外科联合开展的腹腔镜活体取肾，腹腔镜下Miles术，腹腔镜下直肠癌前切除术；胸外科的胸腔镜辅助食管癌切除术等。